Com a publicação da Lei de Bases da Política de Ordenamento e de Gestão do Espaço Marítimo Nacional (LBODGEM) e do Decreto-Lei n.º 38/2015, de 12 de março que a desenvolve, registou-se uma alteração de competências na atribuição dos títulos que conferem o direito à utilização privativa dos recursos hídricos. Assim, decorrente deste novo enquadramento legislativo e no que diz respeito à aquicultura compete à APA a decisão dos pedidos de emissão do título para a utilização privativa dos recursos hídricos em águas de transição para fins aquícolas.
Em águas interiores a APA mantém as competências de licenciamento já anteriormente atribuídas no âmbito da Lei da Água e no Regime Jurídico de Utilização dos Recursos Hídricos, ambos na sua redação atual.
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