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A Comissão Europeia defende que devem ser tomadas medidas para assegurar a proteção dos principais habitats dependentes da água para garantir a sua conservação. Neste sentido, foi criado o projeto Albufeira, iniciado na 3ª Conferência das partes da Convenção de Albufeira, para enfrentar os desafios da gestão de massas de água partilhadas e para responder às necessidades identificadas pela Comissão Europeia na monitorização da Diretiva-Quadro da Água (DQA).

O projeto Albufeira visa melhorar a coordenação das ações para promover e proteger o bom estado destas massas de água partilhadas entre Espanha e Portugal, para a sua proteção e utilização sustentável e os seus ecossistemas associados.

Para o efeito, prevê a harmonização de metodologias para o controlo do estado ecológico ou o potencial ecológico e a definição das medidas necessárias para alcançar os objetivos ambientais estabelecidos para as massas de água nas bacias hidrográficas do Minho, Douro, Tejo e Guadiana.

Propõe também a melhoria da gestão das áreas protegidas ligadas a estas massas de água, através de metodologias que integram os requisitos da DQA com os da Rede Natura 2000, melhorando assim a proteção coordenada das espécies e habitats de grande valor presentes nestas massas de água partilhadas.