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A monitorização da água é uma medida do controlo do estado dos sistemas hídricos e da eficácia e eficiência das medidas implementadas. Além disso permite disponibilizar a informação recolhida ao cidadão e a outras entidades, como contributo importante para a gestão participada e cidadania ativa.

Esta monitorização tem por base redes de medição, bases de dados e modelos matemáticos que simulam o estado dos recursos no futuro. Na avaliação da água são considerados diferentes indicadores de qualidade: biológicos, químicos, físico-químicos e hidromorfológicos. Deste modo são avaliados, por exemplo: quantidade e presença de seres vivos e de alguns elementos químicos, como poluentes, e também a forma da bacia, velocidade do caudal e outras características.  

Por outro lado, a monitorização da faixa costeira assenta no conhecimento dos padrões de evolução de longa duração, e dos ritmos de evolução sazonal dos sistemas litorais.

A monitorização constitui a informação de base para a tomada de decisões (ex. a nível do licenciamento, aplicação de medidas no âmbito da seca, assim como no planeamento e gestão da orla costeira), sendo também determinante para cumprimento de obrigações comunitárias, nomeadamente da Diretiva Quadro da Água, Diretiva das Substâncias Prioritárias, Diretiva das Águas Subterrâneas e Diretiva Nitratos. A monitorização das águas transição e costeiras é ainda determinante para articulação com Diretiva Quadro da Estratégia Marinha (DQEM).

O Sistema Nacional de Informações de Recursos Hídricos – SNIRH é o sistema de divulgação dos dados recolhidos nas redes de monitorização de recursos hídricos da Autoridade Nacional da Água bem como de disponibilização de informação. Compreende igualmente uma plataforma de serviço público, para esclarecimento de dúvidas relacionadas com os recursos hídricos. Destacam-se como principais funcionalidades os boletins mensais que caracterizam o estado atual das disponibilidades hídricas, quer superficiais quer subterrâneas, o escoamento e a precipitação. Os dados históricos e atuais, são disponibilizados gratuitamente, tendo como principais utilizadores as universidades, escolas, empresas de projeto entre outras entidades.

No âmbito da monitorização costeira, o Programa de Monitorização da Faixa Costeira de Portugal Continental (COSMO), tem vindo a incrementar de forma significativa o conhecimento relativo à evolução da faixa costeira, bem como os respetivos impactos e situações de risco. A APA tem vindo, também, a assegurar a gestão do novo Sistema de Administração do Recurso Litoral (SIARL), enquanto instrumento que promove a gestão integrada e sustentável da Zona Costeira Continental e tem investido na produção de conhecimento específico destinado à resolução de problemas concretos e à melhoria da compreensão sobre a dinâmica e processos costeiros em determinadas áreas, de modo a definir as melhores opções em matéria de proteção e defesa costeira.

A monitorização tem um papel importante para se alcançarem os objetivos ambientais pretendidos na Lei da Água, contribuindo igualmente para a implementação da Estratégia Nacional para a Gestão Integrada da Zona Costeira.